| 7. Journée | 13.09.2008 | FC Wil 1900 | - | FC Stade Nyonnais | 0:0 | ||||
| 8. Journée | 27.09.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Concordia Basel | 0:0 | ||||
| 9. Journée | 04.10.2008 | FC St. Gallen | - | FC Stade Nyonnais | 3:0 | ||||
| 10. Journée | 25.10.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Thun | 0:2 |  |
|||
| 11. Journée | 01.11.2008 | FC Lausanne-Sport | - | FC Stade Nyonnais | 1:0 | |
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| 13. Journée | 16.11.2008 | FC Winterthur | - | FC Stade Nyonnais | 1:2 | ||||
| 14. Journée | 29.11.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Schaffhausen | 3:1 | ||||
| 17. Journée | 27.02.2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Locarno | 1:0 | ||||
| 18. Journée | 07.03.2009 | Servette FC | - | FC Stade Nyonnais | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 20.03.2009 | FC Gossau | - | FC Stade Nyonnais | 2:3 | |
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| 16. Journée | 29.03.2009 | FC Biel/Bienne | - | FC Stade Nyonnais | 4:2 | |
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| 22. Journée | 11.04.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Stade Nyonnais | 2:1 | ||||
| 23. Journée | 18.04.2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC St. Gallen | 1:4 | ||||
| 25. Journée | 26.04.2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Lausanne-Sport | 0:2 | ||||
| 29. Journée | 24.05.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Stade Nyonnais | 3:0 | ||||
| 30. Journée | 30.05.2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Wohlen | 1:3 | |
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