| Qualif. Ligue des Champions | M. | G. | N. | P. | Buts | |||
| à domicile | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | : | 4 | |
| à l'extérieur | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | : | 6 | |
| ∑ | 2 | 0 | 0 | 2 | 1 | : | 10 | |
| Conference League | M. | G. | N. | P. | Buts | |||
| à domicile | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | : | 0 | |
| à l'extérieur | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | : | 2 | |
| ∑ | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | : | 2 | |
| au total | M. | G. | N. | P. | Buts | |||
| à domicile | 2 | 1 | 0 | 1 | 2 | : | 4 | |
| à l'extérieur | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | : | 8 | |
| Lieu neutre | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | : | 0 | |
| ∑ | 4 | 1 | 0 | 3 | 2 | : | 12 | |
| Qualif. Ligue des Champions | |||||
| 1999/2000 | 1er tour | FC Flora | - | Partizan | 1:4 (0:2) |
| 1999/2000 | 1er tour | Partizan | - | FC Flora | 6:0 (3:0) |
| Conference League | |||||
| 2021/2022 | Groupe B | FC Flora | - | Partizan | 1:0 (1:0) |
| 2021/2022 | Groupe B | Partizan | - | FC Flora | 2:0 (2:0) |
|
Pour les matchs qui ont été décidées aux tirs au but , le score est inclus dans ce classement après 120 minutes . |
Estonie 
![FC Flora [Femmes]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/30430.gif?fallback=png "FC Flora [Femmes]"){kind=small}
![FC Flora [A-jeun]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/24240.gif?fallback=png "FC Flora [A-jeun]"){kind=small}
