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| H (Match allé) | Bayern München | - | FC DAC 1904 | 3:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | FC DAC 1904 | - | Bayern München | 0:2 (0:2) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: Bayern München | ||||
| H (Match allé) | 1. FC Köln | - | Rangers FC | 2:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Rangers FC | - | 1. FC Köln | 1:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: 1. FC Köln | ||||
| H (Match allé) | Dinamo Zagreb | - | VfB Stuttgart | 1:3 (0:1) | ||
| R (match retour) | VfB Stuttgart | - | Dinamo Zagreb | 1:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: VfB Stuttgart | ||||
| H (Match allé) | Partizan | - | AS Roma | 4:2 (2:1) | ||
| R (match retour) | AS Roma | - | Partizan | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: AS Roma | ||||
| H (Match allé) | Velež Mostar | - | Os Belenenses | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Os Belenenses | - | Velež Mostar | 3:4 (0:0, 0:0, 0:0) tab | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: Velež Mostar | ||||
| H (Match allé) | Sporting CP | - | Real Sociedad | 1:2 (1:1) | ||
| R (match retour) | Real Sociedad | - | Sporting CP | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: Real Sociedad | ||||
| H (Match allé) | Heart of Midlothian | - | Austria Wien | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Austria Wien | - | Heart of Midlothian | 0:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: Heart of Midlothian | ||||
| H (Match allé) | 1. FC Lokomotive Leipzig | - | SSC Napoli | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | SSC Napoli | - | 1. FC Lokomotive Leipzig | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: SSC Napoli | ||||
| H (Match allé) | Újpesti Dózsa SC | - | Girondins Bordeaux | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Girondins Bordeaux | - | Újpesti Dózsa SC | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: Girondins Bordeaux | ||||
| H (Match allé) | Juventus | - | Athletic Club | 5:1 (3:1) | ||
| R (match retour) | Athletic Club | - | Juventus | 3:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: Juventus | ||||
| H (Match allé) | Dynamo Dresden | - | KSV Waregem | 4:1 (3:0) | ||
| R (match retour) | KSV Waregem | - | Dynamo Dresden | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: Dynamo Dresden | ||||
| H (Match allé) | First Vienna FC | - | TPS Turku | 2:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | TPS Turku | - | First Vienna FC | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: TPS Turku | ||||
| H (Match allé) | Malmö FF | - | Inter | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Inter | - | Malmö FF | 1:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: Inter | ||||
| H (Match allé) | RFC Liège | - | SL Benfica | 2:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | SL Benfica | - | RFC Liège | 1:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: RFC Liège | ||||
| H (Match allé) | FC Groningen | - | Servette FC | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Servette FC | - | FC Groningen | 1:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: FC Groningen | ||||
| H (Match allé) | Dinamo Minsk | - | Victoria Bucuresti | 2:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Victoria Bucuresti | - | Dinamo Minsk | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 26.10.1988 | R (match retour): 09.11.1988 | vainqueur: Victoria Bucuresti | ||||
