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| 16.05.2009 | 17:00 | FC Artmedia Petržalka | - | FK Dukla Banská Bystrica | 1:1 (0:1) | |
| 18:00 | MŠK Žilina | - | MFK Ružomberok | 2:0 (2:0) | ||
| 18:30 | 1. FC Tatran Prešov | - | FC DAC 1904 | 2:1 (0:0) | ||
| 19:00 | Zlaté Moravce | - | MFK Dubnica | 2:0 (1:0) | ||
| 19:00 | FC Nitra | - | MFK Košice | 4:1 (3:0) | ||
| 17.05.2009 | 17:15 | Spartak Trnava | - | Slovan Bratislava | 1:1 (1:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Slovan Bratislava | 30 | 21 | 6 | 3 | 66:17 | 49 | 69 |
| 2 |
|
MŠK Žilina | 30 | 17 | 6 | 7 | 50:23 | 27 | 57 |
| 3 |
|
Spartak Trnava | 30 | 14 | 10 | 6 | 42:31 | 11 | 52 |
| 4 |
|
MFK Košice | 30 | 12 | 9 | 9 | 43:39 | 4 | 45 |
| 5 |
|
FC Artmedia Petržalka | 30 | 10 | 10 | 10 | 44:38 | 6 | 40 |
| 6 |
|
MFK Ružomberok | 30 | 10 | 10 | 10 | 38:32 | 6 | 40 |
| 7 |
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1. FC Tatran Prešov | 30 | 9 | 9 | 12 | 36:47 | -11 | 36 |
| 8 |
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FC DAC 1904 | 30 | 9 | 8 | 13 | 31:54 | -23 | 35 |
| 9 |
|
FK Dukla Banská Bystrica | 30 | 9 | 7 | 14 | 27:34 | -7 | 34 |
| 10 |
|
MFK Dubnica | 30 | 9 | 6 | 15 | 37:43 | -6 | 33 |
| 11 |
|
FC Nitra | 30 | 8 | 7 | 15 | 30:47 | -17 | 31 |
| 12 |
|
Zlaté Moravce | 30 | 4 | 8 | 18 | 18:57 | -39 | 20 |
