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| 07.03.2009 | 14:00 | Spartak Trnava | - | MFK Košice | 2:1 (1:1) | |
| 17:00 | FC Nitra | - | MFK Ružomberok | 2:1 (1:0) | ||
| 17:00 | Zlaté Moravce | - | FC DAC 1904 | 1:1 (0:0) | ||
| 17:30 | MŠK Žilina | - | FK Dukla Banská Bystrica | 1:0 (1:0) | ||
| 08.03.2009 | 17:15 | 1. FC Tatran Prešov | - | Slovan Bratislava | 1:2 (0:1) | |
| 18.03.2009 | 14:30 | FC Artmedia Petržalka | - | MFK Dubnica | 3:0 (1:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Slovan Bratislava | 20 | 13 | 4 | 3 | 42:15 | 27 | 43 |
| 2 |
|
MŠK Žilina | 20 | 13 | 3 | 4 | 36:12 | 24 | 42 |
| 3 |
|
Spartak Trnava | 20 | 11 | 6 | 3 | 30:20 | 10 | 39 |
| 4 |
|
FC DAC 1904 | 20 | 8 | 7 | 5 | 25:23 | 2 | 31 |
| 5 |
|
MFK Košice | 20 | 7 | 7 | 6 | 28:27 | 1 | 28 |
| 6 |
|
MFK Ružomberok | 20 | 6 | 7 | 7 | 26:23 | 3 | 25 |
| 7 |
|
FC Artmedia Petržalka | 20 | 6 | 6 | 8 | 27:29 | -2 | 24 |
| 8 |
|
1. FC Tatran Prešov | 20 | 6 | 5 | 9 | 21:32 | -11 | 23 |
| 9 |
|
FK Dukla Banská Bystrica | 20 | 5 | 5 | 10 | 15:20 | -5 | 20 |
| 10 |
|
MFK Dubnica | 20 | 5 | 5 | 10 | 24:30 | -6 | 20 |
| 11 |
|
FC Nitra | 20 | 5 | 4 | 11 | 17:35 | -18 | 19 |
| 12 |
|
Zlaté Moravce | 20 | 2 | 7 | 11 | 11:36 | -25 | 13 |
