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| H (Match allé) | Shirak FC | - | Spartak Trnava | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Spartak Trnava | - | Shirak FC | 2:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 15:00 | R (match retour): 21.07.2016 20:15 | vainqueur: Spartak Trnava | ||||
| H (Match allé) | FK Kairat | - | Maccabi Tel Aviv | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Maccabi Tel Aviv | - | FK Kairat | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 16:45 | R (match retour): 21.07.2016 19:00 | vainqueur: Maccabi Tel Aviv | ||||
| H (Match allé) | Dinamo Minsk | - | St Patrick's Athletic | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | St Patrick's Athletic | - | Dinamo Minsk | 0:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 17:30 | R (match retour): 21.07.2016 20:45 | vainqueur: Dinamo Minsk | ||||
| H (Match allé) | Rovaniemi PS | - | Lokomotiva Zagreb | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Lokomotiva Zagreb | - | Rovaniemi PS | 3:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 18:00 | R (match retour): 21.07.2016 18:00 | vainqueur: Lokomotiva Zagreb | ||||
| H (Match allé) | Neftçi PFK | - | KF Shkëndija 79 | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | KF Shkëndija 79 | - | Neftçi PFK | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 18:00 | R (match retour): 21.07.2016 20:00 | vainqueur: KF Shkëndija 79 | ||||
| H (Match allé) | FC Levadia | - | Slavia Praha | 3:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Slavia Praha | - | FC Levadia | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 18:00 | R (match retour): 21.07.2016 19:00 | vainqueur: Slavia Praha | ||||
| H (Match allé) | FC Midtjylland | - | FC Vaduz | 3:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | FC Vaduz | - | FC Midtjylland | 2:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 18:30 | R (match retour): 21.07.2016 19:00 | vainqueur: FC Midtjylland | ||||
| H (Match allé) | Debreceni VSC | - | Torpedo-BelAZ Zhodino | 1:2 (1:1) | ||
| R (match retour) | Torpedo-BelAZ Zhodino | - | Debreceni VSC | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 18:30 | R (match retour): 21.07.2016 18:00 | vainqueur: Torpedo-BelAZ Zhodino | ||||
| H (Match allé) | Maccabi Haifa | - | JK Nõmme Kalju | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | JK Nõmme Kalju | - | Maccabi Haifa | 5:3 (0:1, 1:1, 1:1) tab | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 19:00 | R (match retour): 21.07.2016 18:00 | vainqueur: JK Nõmme Kalju | ||||
| H (Match allé) | FC Zimbru | - | Osmanlıspor FK | 2:2 (1:1) | ||
| R (match retour) | Osmanlıspor FK | - | FC Zimbru | 5:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 19:00 | R (match retour): 21.07.2016 20:00 | vainqueur: Osmanlıspor FK | ||||
| H (Match allé) | FC Admira Wacker | - | Kapaz PFK | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Kapaz PFK | - | FC Admira Wacker | 0:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 19:00 | R (match retour): 20.07.2016 18:00 | vainqueur: FC Admira Wacker | ||||
| H (Match allé) | BK Häcken | - | Cork City | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Cork City | - | BK Häcken | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 19:00 | R (match retour): 21.07.2016 20:45 | vainqueur: Cork City | ||||
| H (Match allé) | AIK Solna | - | Europa FC | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Europa FC | - | AIK Solna | 0:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 19:00 | R (match retour): 21.07.2016 19:00 | vainqueur: AIK Solna | ||||
| H (Match allé) | Beitar Jerusalem | - | Omonia Nikosia | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Omonia Nikosia | - | Beitar Jerusalem | 3:2 (2:2) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 19:00 | R (match retour): 21.07.2016 18:30 | vainqueur: Beitar Jerusalem | ||||
| H (Match allé) | SønderjyskE | - | Strømsgodset IF | 2:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | Strømsgodset IF | - | SønderjyskE | 2:2 (2:0, 2:1) ap | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 19:00 | R (match retour): 21.07.2016 19:00 | vainqueur: SønderjyskE | ||||
| H (Match allé) | Shakhter Soligorsk | - | NK Domžale | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | NK Domžale | - | Shakhter Soligorsk | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 19:30 | R (match retour): 21.07.2016 20:30 | vainqueur: NK Domžale | ||||
| H (Match allé) | PFC Beroe | - | HJK Helsinki | 1:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | HJK Helsinki | - | PFC Beroe | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 19:30 | R (match retour): 21.07.2016 18:00 | vainqueur: HJK Helsinki | ||||
| H (Match allé) | Vojvodina | - | Connah's Quay Nomads | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Connah's Quay Nomads | - | Vojvodina | 1:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:00 | R (match retour): 21.07.2016 19:45 | vainqueur: Vojvodina | ||||
| H (Match allé) | NK Maribor | - | Levski Sofia | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Levski Sofia | - | NK Maribor | 1:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:00 | R (match retour): 21.07.2016 19:00 | vainqueur: NK Maribor | ||||
| H (Match allé) | KRC Genk | - | FK Budućnost Podgorica | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | FK Budućnost Podgorica | - | KRC Genk | 2:4 (2:0, 2:0, 2:0) tab | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:00 | R (match retour): 21.07.2016 20:45 | vainqueur: KRC Genk | ||||
| H (Match allé) | CSM Politehnica Iași | - | Hajduk Split | 2:2 (2:0) | ||
| R (match retour) | Hajduk Split | - | CSM Politehnica Iași | 2:1 (1:1) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:00 | R (match retour): 21.07.2016 20:30 | vainqueur: Hajduk Split | ||||
| H (Match allé) | PAS Giannina | - | Odds BK | 3:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | Odds BK | - | PAS Giannina | 3:1 (0:0, 3:0) ap | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:00 | R (match retour): 21.07.2016 19:00 | vainqueur: PAS Giannina | ||||
| H (Match allé) | Partizan | - | Zagłębie Lubin | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Zagłębie Lubin | - | Partizan | 4:3 (0:0, 0:0, 0:0) tab | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:15 | R (match retour): 21.07.2016 21:05 | vainqueur: Zagłębie Lubin | ||||
| H (Match allé) | Slovan Bratislava | - | FK Jelgava | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FK Jelgava | - | Slovan Bratislava | 3:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:15 | R (match retour): 21.07.2016 17:30 | vainqueur: FK Jelgava | ||||
| H (Match allé) | MTK Budapest | - | Gabala FK | 1:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Gabala FK | - | MTK Budapest | 2:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:30 | R (match retour): 21.07.2016 19:00 | vainqueur: Gabala FK | ||||
| H (Match allé) | Videoton FC | - | FK Čukarički | 2:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FK Čukarički | - | Videoton FC | 1:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:30 | R (match retour): 21.07.2016 20:30 | vainqueur: Videoton FC | ||||
| H (Match allé) | Birkirkara FC | - | Heart of Midlothian | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Heart of Midlothian | - | Birkirkara FC | 1:2 (0:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:30 | R (match retour): 21.07.2016 21:00 | vainqueur: Birkirkara FC | ||||
| H (Match allé) | Hibernian FC | - | Brøndby IF | 0:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Brøndby IF | - | Hibernian FC | 5:3 (0:0, 0:1, 0:1) tab | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:45 | R (match retour): 21.07.2016 20:00 | vainqueur: Brøndby IF | ||||
| H (Match allé) | Aberdeen FC | - | FK Ventspils | 3:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | FK Ventspils | - | Aberdeen FC | 0:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:45 | R (match retour): 21.07.2016 17:00 | vainqueur: Aberdeen FC | ||||
| H (Match allé) | Cliftonville FC | - | AEK Larnaca | 2:3 (1:0) | ||
| R (match retour) | AEK Larnaca | - | Cliftonville FC | 2:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:45 | R (match retour): 21.07.2016 19:00 | vainqueur: AEK Larnaca | ||||
| H (Match allé) | Piast Gliwice | - | IFK Göteborg | 0:3 (0:2) | ||
| R (match retour) | IFK Göteborg | - | Piast Gliwice | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 20:45 | R (match retour): 21.07.2016 19:00 | vainqueur: IFK Göteborg | ||||
| H (Match allé) | Austria Wien | - | FK Kukësi | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | FK Kukësi | - | Austria Wien | 1:4 (0:1) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 21:05 | R (match retour): 21.07.2016 19:30 | vainqueur: Austria Wien | ||||
| H (Match allé) | KR Reykjavík | - | Grasshopper Club Zürich | 3:3 (0:2) | ||
| R (match retour) | Grasshopper Club Zürich | - | KR Reykjavík | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 14.07.2016 21:15 | R (match retour): 21.07.2016 19:00 | vainqueur: Grasshopper Club Zürich | ||||
