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| H (Match allé) | VfB Stuttgart | - | Dinamo Moskva | 2:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Dinamo Moskva | - | VfB Stuttgart | 1:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 22.08.2012 18:15 | R (match retour): 28.08.2012 18:00 | vainqueur: VfB Stuttgart | ||||
| H (Match allé) | Anzhi Makhachkala | - | AZ Alkmaar | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | AZ Alkmaar | - | Anzhi Makhachkala | 0:5 (0:2) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 18:00 | R (match retour): 30.08.2012 21:00 | vainqueur: Anzhi Makhachkala | ||||
| H (Match allé) | Neftçi PFK | - | APOEL Nikosia | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | APOEL Nikosia | - | Neftçi PFK | 1:3 (1:2) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 18:00 | R (match retour): 30.08.2012 19:00 | vainqueur: Neftçi PFK | ||||
| H (Match allé) | Tromsø IL | - | Partizan | 3:2 (1:1) | ||
| R (match retour) | Partizan | - | Tromsø IL | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 18:30 | R (match retour): 30.08.2012 20:45 | vainqueur: Partizan | ||||
| H (Match allé) | FK Ekranas | - | FC Steaua Bucureşti | 0:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | FC Steaua Bucureşti | - | FK Ekranas | 3:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 18:45 | R (match retour): 30.08.2012 19:30 | vainqueur: FC Steaua Bucureşti | ||||
| H (Match allé) | Slovan Liberec | - | Dnipro Dnipropetrovsk | 2:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Dnipro Dnipropetrovsk | - | Slovan Liberec | 4:2 (1:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 19:00 | R (match retour): 30.08.2012 18:00 | vainqueur: Dnipro Dnipropetrovsk | ||||
| H (Match allé) | FC Sheriff | - | Olympique Marseille | 1:2 (1:1) | ||
| R (match retour) | Olympique Marseille | - | FC Sheriff | 0:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 19:00 | R (match retour): 30.08.2012 20:30 | vainqueur: Olympique Marseille | ||||
| H (Match allé) | Molde FK | - | sc Heerenveen | 2:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | sc Heerenveen | - | Molde FK | 1:2 (0:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 19:00 | R (match retour): 30.08.2012 19:00 | vainqueur: Molde FK | ||||
| H (Match allé) | Legia Warszawa | - | Rosenborg BK | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Rosenborg BK | - | Legia Warszawa | 2:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 19:00 | R (match retour): 30.08.2012 19:00 | vainqueur: Rosenborg BK | ||||
| H (Match allé) | Atromitos | - | Newcastle United | 1:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | Newcastle United | - | Atromitos | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 19:00 | R (match retour): 30.08.2012 21:00 | vainqueur: Newcastle United | ||||
| H (Match allé) | AIK Solna | - | CSKA Moskva | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | CSKA Moskva | - | AIK Solna | 0:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 19:00 | R (match retour): 30.08.2012 19:00 | vainqueur: AIK Solna | ||||
| H (Match allé) | FC Luzern | - | KRC Genk | 2:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | KRC Genk | - | FC Luzern | 2:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 19:30 | R (match retour): 30.08.2012 20:00 | vainqueur: KRC Genk | ||||
| H (Match allé) | Dinamo Bucureşti | - | Metalist Kharkiv | 0:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Metalist Kharkiv | - | Dinamo Bucureşti | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 19:30 | R (match retour): 30.08.2012 20:00 | vainqueur: Metalist Kharkiv | ||||
| H (Match allé) | Bursaspor | - | FC Twente | 3:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | FC Twente | - | Bursaspor | 4:1 (1:1, 3:1) ap | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 19:30 | R (match retour): 30.08.2012 21:00 | vainqueur: FC Twente | ||||
| H (Match allé) | Trabzonspor | - | Videoton FC | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Videoton FC | - | Trabzonspor | 4:2 (0:0, 0:0, 0:0) tab | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 20:00 | R (match retour): 30.08.2012 20:30 | vainqueur: Videoton FC | ||||
| H (Match allé) | F91 Dudelange | - | Hapoel Tel Aviv | 1:3 (1:3) | ||
| R (match retour) | Hapoel Tel Aviv | - | F91 Dudelange | 4:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 20:00 | R (match retour): 30.08.2012 19:00 | vainqueur: Hapoel Tel Aviv | ||||
| H (Match allé) | Feyenoord | - | AC Sparta Praha | 2:2 (0:2) | ||
| R (match retour) | AC Sparta Praha | - | Feyenoord | 2:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 20:00 | R (match retour): 30.08.2012 19:30 | vainqueur: AC Sparta Praha | ||||
| H (Match allé) | FC Midtjylland | - | BSC Young Boys | 0:3 (0:1) | ||
| R (match retour) | BSC Young Boys | - | FC Midtjylland | 0:2 (0:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 20:15 | R (match retour): 30.08.2012 19:30 | vainqueur: BSC Young Boys | ||||
| H (Match allé) | Sporting Lokeren | - | Viktoria Plzeň | 2:1 (1:1) | ||
| R (match retour) | Viktoria Plzeň | - | Sporting Lokeren | 1:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 20:30 | R (match retour): 30.08.2012 20:15 | vainqueur: Viktoria Plzeň | ||||
| H (Match allé) | Debreceni VSC | - | Club Brugge KV | 0:3 (0:0) | ||
| R (match retour) | Club Brugge KV | - | Debreceni VSC | 4:1 (1:1) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 20:30 | R (match retour): 30.08.2012 20:30 | vainqueur: Club Brugge KV | ||||
| H (Match allé) | PAOK Saloniki | - | Rapid Wien | 2:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Rapid Wien | - | PAOK Saloniki | 3:0 (1:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 20:35 | R (match retour): 30.08.2012 20:45 | vainqueur: Rapid Wien | ||||
| H (Match allé) | Heart of Midlothian | - | Liverpool FC | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Liverpool FC | - | Heart of Midlothian | 1:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 20:45 | R (match retour): 30.08.2012 21:05 | vainqueur: Liverpool FC | ||||
| H (Match allé) | Śląsk Wrocław | - | Hannover 96 | 3:5 (1:3) | ||
| R (match retour) | Hannover 96 | - | Śląsk Wrocław | 5:1 (2:1) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 20:45 | R (match retour): 30.08.2012 20:45 | vainqueur: Hannover 96 | ||||
| H (Match allé) | Motherwell FC | - | Levante UD | 0:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Levante UD | - | Motherwell FC | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 20:45 | R (match retour): 30.08.2012 20:45 | vainqueur: Levante UD | ||||
| H (Match allé) | FC Vaslui | - | Inter | 0:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Inter | - | FC Vaslui | 2:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 20:45 | R (match retour): 30.08.2012 20:45 | vainqueur: Inter | ||||
| H (Match allé) | FK Zeta | - | PSV Eindhoven | 0:5 (0:1) | ||
| R (match retour) | PSV Eindhoven | - | FK Zeta | 9:0 (5:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 21:00 | R (match retour): 30.08.2012 19:00 | vainqueur: PSV Eindhoven | ||||
| H (Match allé) | AC Horsens | - | Sporting CP | 1:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | Sporting CP | - | AC Horsens | 5:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 21:00 | R (match retour): 30.08.2012 21:30 | vainqueur: Sporting CP | ||||
| H (Match allé) | Athletic Club | - | HJK Helsinki | 6:0 (3:0) | ||
| R (match retour) | HJK Helsinki | - | Athletic Club | 3:3 (1:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 21:00 | R (match retour): 30.08.2012 19:00 | vainqueur: Athletic Club | ||||
| H (Match allé) | ND Mura 05 | - | Lazio Roma | 0:2 (0:1) | ||
| R (match retour) | Lazio Roma | - | ND Mura 05 | 3:1 (2:0) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 21:00 | R (match retour): 30.08.2012 21:00 | vainqueur: Lazio Roma | ||||
| H (Match allé) | Crvena Zvezda | - | Girondins Bordeaux | 0:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Girondins Bordeaux | - | Crvena Zvezda | 3:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 21:00 | R (match retour): 30.08.2012 20:30 | vainqueur: Girondins Bordeaux | ||||
| H (Match allé) | CS Marítimo | - | Dila Gori | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Dila Gori | - | CS Marítimo | 0:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 23.08.2012 21:00 | R (match retour): 30.08.2012 18:00 | vainqueur: CS Marítimo | ||||
