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| 14.10.2016 | 18:00 | FC Infonet | - | JK Tammeka | 1:0 (1:0) | |
| 15.10.2016 | 12:00 | Pärnu Linnameeskond | - | Rakvere JK Tarvas | 1:1 (0:0) | |
| 12:00 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Levadia | 3:2 (2:0) | ||
| 12:00 | Paide Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 2:0 (1:0) | ||
| 15:00 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 0:2 (0:2) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 33 | 22 | 7 | 4 | 69:31 | 38 | 73 |
| 2 |
|
FC Flora | 33 | 20 | 9 | 4 | 88:26 | 62 | 69 |
| 3 |
|
FC Levadia | 33 | 21 | 6 | 6 | 72:29 | 43 | 69 |
| 4 |
|
JK Nõmme Kalju | 33 | 20 | 9 | 4 | 66:26 | 40 | 69 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 33 | 13 | 8 | 12 | 58:50 | 8 | 47 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 33 | 14 | 5 | 14 | 57:54 | 3 | 47 |
| 7 |
|
JK Narva Trans | 33 | 10 | 6 | 17 | 53:67 | -14 | 36 |
| 8 |
|
JK Tammeka | 33 | 10 | 5 | 18 | 38:63 | -25 | 35 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 33 | 5 | 2 | 26 | 23:86 | -63 | 17 |
| 10 |
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Rakvere JK Tarvas | 33 | 0 | 3 | 30 | 15:107 | -92 | 3 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
