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| 12.09.2016 | 17:00 | Rakvere JK Tarvas | - | Paide Linnameeskond | 0:1 (0:1) | |
| 13.09.2016 | 17:00 | JK Sillamäe Kalev | - | Pärnu Linnameeskond | 4:2 (3:1) | |
| 17:00 | JK Nõmme Kalju | - | FC Levadia | 0:3 (0:2) | ||
| 18:00 | JK Narva Trans | - | JK Tammeka | 4:2 (1:1) | ||
| 19:00 | FC Flora | - | FC Infonet | 2:1 (1:1) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 29 | 19 | 6 | 4 | 64:29 | 35 | 63 |
| 2 |
|
FC Levadia | 29 | 19 | 5 | 5 | 60:24 | 36 | 62 |
| 3 |
|
FC Flora | 29 | 17 | 9 | 3 | 74:22 | 52 | 60 |
| 4 |
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JK Nõmme Kalju | 29 | 17 | 9 | 3 | 55:22 | 33 | 60 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 29 | 11 | 8 | 10 | 51:42 | 9 | 41 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 29 | 11 | 5 | 13 | 49:48 | 1 | 38 |
| 7 |
|
JK Narva Trans | 29 | 9 | 6 | 14 | 46:60 | -14 | 33 |
| 8 |
|
JK Tammeka | 29 | 9 | 5 | 15 | 34:52 | -18 | 32 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 29 | 5 | 1 | 23 | 20:73 | -53 | 16 |
| 10 |
|
Rakvere JK Tarvas | 29 | 0 | 2 | 27 | 14:95 | -81 | 2 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
