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| 09.09.2016 | 17:00 | Paide Linnameeskond | - | Pärnu Linnameeskond | 4:1 (3:1) | |
| 18:00 | JK Tammeka | - | Rakvere JK Tarvas | 5:0 (2:0) | ||
| 10.09.2016 | 12:00 | FC Infonet | - | JK Sillamäe Kalev | 4:2 (3:1) | |
| 15:00 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 1:1 (1:1) | ||
| 17:00 | FC Levadia | - | JK Narva Trans | 5:0 (3:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 28 | 19 | 6 | 3 | 63:27 | 36 | 63 |
| 2 |
|
JK Nõmme Kalju | 28 | 17 | 9 | 2 | 55:19 | 36 | 60 |
| 3 |
|
FC Levadia | 28 | 18 | 5 | 5 | 57:24 | 33 | 59 |
| 4 |
|
FC Flora | 28 | 16 | 9 | 3 | 72:21 | 51 | 57 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 28 | 10 | 8 | 10 | 47:40 | 7 | 38 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 28 | 10 | 5 | 13 | 48:48 | 0 | 35 |
| 7 |
|
JK Tammeka | 28 | 9 | 5 | 14 | 32:48 | -16 | 32 |
| 8 |
|
JK Narva Trans | 28 | 8 | 6 | 14 | 42:58 | -16 | 30 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 28 | 5 | 1 | 22 | 18:69 | -51 | 16 |
| 10 |
|
Rakvere JK Tarvas | 28 | 0 | 2 | 26 | 14:94 | -80 | 2 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
