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| 19.08.2016 | 18:00 | FC Infonet | - | Paide Linnameeskond | 1:0 (0:0) | |
| 18:00 | JK Narva Trans | - | Pärnu Linnameeskond | 3:1 (1:1) | ||
| 18:00 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Flora | 1:4 (1:4) | ||
| 20.08.2016 | 15:00 | FC Levadia | - | Rakvere JK Tarvas | 4:0 (1:0) | |
| 18:00 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tammeka | 3:0 (0:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 25 | 18 | 5 | 2 | 59:22 | 37 | 59 |
| 2 |
|
FC Levadia | 25 | 17 | 5 | 3 | 50:19 | 31 | 56 |
| 3 |
|
JK Nõmme Kalju | 25 | 16 | 7 | 2 | 49:14 | 35 | 55 |
| 4 |
|
FC Flora | 25 | 15 | 7 | 3 | 65:17 | 48 | 52 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 25 | 9 | 7 | 9 | 40:34 | 6 | 34 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 25 | 8 | 5 | 12 | 36:44 | -8 | 29 |
| 7 |
|
JK Tammeka | 25 | 7 | 5 | 13 | 24:45 | -21 | 26 |
| 8 |
|
JK Narva Trans | 25 | 6 | 6 | 13 | 37:52 | -15 | 24 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 25 | 4 | 1 | 20 | 12:59 | -47 | 13 |
| 10 |
|
Rakvere JK Tarvas | 25 | 0 | 2 | 23 | 13:79 | -66 | 2 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
