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| 12.08.2016 | 18:00 | FC Flora | - | Pärnu Linnameeskond | 3:0 (1:0) | |
| 18:00 | JK Narva Trans | - | Rakvere JK Tarvas | 1:1 (1:1) | ||
| 18:00 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Nõmme Kalju | 0:1 (0:0) | ||
| 13.08.2016 | 15:00 | Paide Linnameeskond | - | JK Tammeka | 3:1 (1:1) | |
| 18:00 | FC Infonet | - | FC Levadia | 0:0 (0:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 23 | 16 | 5 | 2 | 53:22 | 31 | 53 |
| 2 |
|
FC Levadia | 23 | 15 | 5 | 3 | 44:18 | 26 | 50 |
| 3 |
|
JK Nõmme Kalju | 23 | 14 | 7 | 2 | 44:14 | 30 | 49 |
| 4 |
|
FC Flora | 23 | 13 | 7 | 3 | 57:15 | 42 | 46 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 23 | 8 | 7 | 8 | 36:29 | 7 | 31 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 23 | 8 | 5 | 10 | 35:40 | -5 | 29 |
| 7 |
|
JK Tammeka | 23 | 7 | 5 | 11 | 23:40 | -17 | 26 |
| 8 |
|
JK Narva Trans | 23 | 5 | 6 | 12 | 34:49 | -15 | 21 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 23 | 4 | 1 | 18 | 11:51 | -40 | 13 |
| 10 |
|
Rakvere JK Tarvas | 23 | 0 | 2 | 21 | 12:71 | -59 | 2 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
