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| 05.08.2016 | 18:00 | JK Tammeka | - | FC Infonet | 0:1 (0:0) | |
| 18:00 | Pärnu Linnameeskond | - | Rakvere JK Tarvas | 2:1 (1:0) | ||
| 06.08.2016 | 15:00 | FC Levadia | - | JK Sillamäe Kalev | 2:1 (1:1) | |
| 18:00 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 4:1 (1:0) | ||
| 07.08.2016 | 18:00 | JK Nõmme Kalju | - | Paide Linnameeskond | 1:1 (0:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 22 | 16 | 4 | 2 | 53:22 | 31 | 52 |
| 2 |
|
FC Levadia | 22 | 15 | 4 | 3 | 44:18 | 26 | 49 |
| 3 |
|
JK Nõmme Kalju | 22 | 13 | 7 | 2 | 43:14 | 29 | 46 |
| 4 |
|
FC Flora | 22 | 12 | 7 | 3 | 54:15 | 39 | 43 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 22 | 8 | 7 | 7 | 36:28 | 8 | 31 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 22 | 7 | 5 | 10 | 32:39 | -7 | 26 |
| 7 |
|
JK Tammeka | 22 | 7 | 5 | 10 | 22:37 | -15 | 26 |
| 8 |
|
JK Narva Trans | 22 | 5 | 5 | 12 | 33:48 | -15 | 20 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 22 | 4 | 1 | 17 | 11:48 | -37 | 13 |
| 10 |
|
Rakvere JK Tarvas | 22 | 0 | 1 | 21 | 11:70 | -59 | 1 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
