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| 15.07.2016 | 18:00 | JK Sillamäe Kalev | - | Rakvere JK Tarvas | 4:0 (3:0) | |
| 16.07.2016 | 15:00 | JK Tammeka | - | Pärnu Linnameeskond | 2:0 (1:0) | |
| 18:00 | JK Narva Trans | - | Paide Linnameeskond | 3:1 (0:0) | ||
| 01.08.2016 | 18:00 | FC Flora | - | FC Levadia | 6:1 (2:1) | |
| 27.09.2016 | 12:05 | FC Infonet | - | JK Nõmme Kalju | 2:2 (0:2) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 19 | 13 | 4 | 2 | 42:19 | 23 | 43 |
| 2 |
|
JK Nõmme Kalju | 19 | 12 | 5 | 2 | 40:12 | 28 | 41 |
| 3 |
|
FC Levadia | 19 | 12 | 4 | 3 | 31:16 | 15 | 40 |
| 4 |
|
FC Flora | 19 | 9 | 7 | 3 | 43:14 | 29 | 34 |
| 5 |
|
JK Tammeka | 19 | 7 | 5 | 7 | 21:27 | -6 | 26 |
| 6 |
|
JK Sillamäe Kalev | 19 | 6 | 7 | 6 | 27:24 | 3 | 25 |
| 7 |
|
Paide Linnameeskond | 19 | 7 | 4 | 8 | 30:28 | 2 | 25 |
| 8 |
|
JK Narva Trans | 19 | 5 | 5 | 9 | 28:37 | -9 | 20 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 19 | 3 | 0 | 16 | 9:43 | -34 | 9 |
| 10 |
|
Rakvere JK Tarvas | 19 | 0 | 1 | 18 | 9:60 | -51 | 1 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
