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| 03.05.2013 | 18:15 | JK Narva Trans | - | FC Infonet | 1:1 (0:1) | |
| 18:30 | FC Levadia | - | FC Kuressaare | 2:1 (0:1) | ||
| 04.05.2013 | 13:00 | JK Tallinna Kalev | - | Paide Linnameeskond | 1:0 (0:0) | |
| 16:00 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Flora | 2:1 (2:1) | ||
| 06.05.2013 | 18:30 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tammeka | 2:0 (1:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
JK Nõmme Kalju | 9 | 7 | 1 | 1 | 19:6 | 13 | 22 |
| 2 |
|
FC Levadia | 9 | 7 | 1 | 1 | 18:7 | 11 | 22 |
| 3 |
|
FC Flora | 9 | 6 | 1 | 2 | 22:9 | 13 | 19 |
| 4 |
|
JK Sillamäe Kalev | 9 | 5 | 3 | 1 | 15:5 | 10 | 18 |
| 5 |
|
Paide Linnameeskond | 9 | 5 | 0 | 4 | 14:15 | -1 | 15 |
| 6 |
|
JK Tammeka | 9 | 2 | 2 | 5 | 6:11 | -5 | 8 |
| 7 |
|
JK Tallinna Kalev | 9 | 2 | 2 | 5 | 5:14 | -9 | 8 |
| 8 |
|
FC Infonet | 9 | 1 | 4 | 4 | 5:14 | -9 | 7 |
| 9 |
|
FC Kuressaare | 9 | 1 | 2 | 6 | 6:14 | -8 | 5 |
| 10 |
|
JK Narva Trans | 9 | 0 | 2 | 7 | 4:19 | -15 | 2 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
