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| 13.04.2013 | 13:00 | FC Flora | - | FC Levadia | 0:3 (0:1) | |
| 16:00 | JK Nõmme Kalju | - | JK Narva Trans | 4:0 (1:0) | ||
| 16:00 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Kuressaare | 4:0 (2:0) | ||
| 18:30 | FC Infonet | - | JK Tallinna Kalev | 2:0 (1:0) | ||
| 23.07.2013 | 18:30 | JK Tammeka | - | Paide Linnameeskond | 0:1 (0:1) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Flora | 6 | 4 | 1 | 1 | 15:5 | 10 | 13 |
| 2 |
|
FC Levadia | 6 | 4 | 1 | 1 | 10:2 | 8 | 13 |
| 3 |
|
JK Nõmme Kalju | 6 | 4 | 1 | 1 | 11:5 | 6 | 13 |
| 4 |
|
Paide Linnameeskond | 6 | 4 | 0 | 2 | 10:10 | 0 | 12 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 6 | 3 | 2 | 1 | 11:4 | 7 | 11 |
| 6 |
|
JK Tammeka | 6 | 2 | 2 | 2 | 6:5 | 1 | 8 |
| 7 |
|
FC Infonet | 6 | 1 | 3 | 2 | 3:8 | -5 | 6 |
| 8 |
|
JK Tallinna Kalev | 6 | 1 | 1 | 4 | 3:11 | -8 | 4 |
| 9 |
|
FC Kuressaare | 6 | 0 | 2 | 4 | 1:8 | -7 | 2 |
| 10 |
|
JK Narva Trans | 6 | 0 | 1 | 5 | 3:15 | -12 | 1 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
