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| 14.06.2013 | 18:30 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 1:0 (0:0) | |
| 18:30 | JK Tammeka | - | FC Infonet | 0:3 (0:1) | ||
| 18:30 | FC Kuressaare | - | JK Tallinna Kalev | 1:3 (1:2) | ||
| 18:30 | JK Sillamäe Kalev | - | Paide Linnameeskond | 3:0 (0:0) | ||
| 15.06.2013 | 16:00 | FC Levadia | - | JK Nõmme Kalju | 1:0 (0:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Levadia | 15 | 12 | 1 | 2 | 23:9 | 14 | 37 |
| 2 |
|
JK Nõmme Kalju | 15 | 11 | 1 | 3 | 30:12 | 18 | 34 |
| 3 |
|
FC Flora | 15 | 10 | 1 | 4 | 39:15 | 24 | 31 |
| 4 |
|
JK Sillamäe Kalev | 15 | 8 | 4 | 3 | 25:11 | 14 | 28 |
| 5 |
|
Paide Linnameeskond | 15 | 8 | 0 | 7 | 24:24 | 0 | 24 |
| 6 |
|
FC Infonet | 15 | 4 | 4 | 7 | 14:20 | -6 | 16 |
| 7 |
|
JK Narva Trans | 15 | 4 | 2 | 9 | 11:22 | -11 | 14 |
| 8 |
|
JK Tallinna Kalev | 15 | 4 | 2 | 9 | 12:25 | -13 | 14 |
| 9 |
|
JK Tammeka | 15 | 3 | 3 | 9 | 13:29 | -16 | 12 |
| 10 |
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FC Kuressaare | 15 | 1 | 2 | 12 | 9:33 | -24 | 5 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
