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| 30.05.2013 | 18:30 | JK Tallinna Kalev | - | JK Narva Trans | 1:2 (1:1) | |
| 18:30 | JK Tammeka | - | FC Kuressaare | 3:1 (1:0) | ||
| 31.05.2013 | 18:30 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 4:3 (2:1) | |
| 18:30 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Levadia | 2:0 (0:0) | ||
| 01.06.2013 | 16:00 | FC Infonet | - | Paide Linnameeskond | 1:2 (0:1) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
JK Nõmme Kalju | 14 | 11 | 1 | 2 | 30:11 | 19 | 34 |
| 2 |
|
FC Levadia | 14 | 11 | 1 | 2 | 22:9 | 13 | 34 |
| 3 |
|
FC Flora | 14 | 9 | 1 | 4 | 38:15 | 23 | 28 |
| 4 |
|
JK Sillamäe Kalev | 14 | 7 | 4 | 3 | 22:11 | 11 | 25 |
| 5 |
|
Paide Linnameeskond | 14 | 8 | 0 | 6 | 24:21 | 3 | 24 |
| 6 |
|
JK Narva Trans | 14 | 4 | 2 | 8 | 11:21 | -10 | 14 |
| 7 |
|
FC Infonet | 14 | 3 | 4 | 7 | 11:20 | -9 | 13 |
| 8 |
|
JK Tammeka | 14 | 3 | 3 | 8 | 13:26 | -13 | 12 |
| 9 |
|
JK Tallinna Kalev | 14 | 3 | 2 | 9 | 9:24 | -15 | 11 |
| 10 |
|
FC Kuressaare | 14 | 1 | 2 | 11 | 8:30 | -22 | 5 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
