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| 10.05.2013 | 18:30 | FC Kuressaare | - | FC Levadia | 0:1 (0:0) | |
| 18:30 | FC Infonet | - | JK Narva Trans | 1:0 (0:0) | ||
| 18:30 | JK Tammeka | - | JK Nõmme Kalju | 0:3 (0:1) | ||
| 18:30 | Paide Linnameeskond | - | JK Tallinna Kalev | 2:1 (1:1) | ||
| 11.05.2013 | 16:00 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 3:0 (0:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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JK Nõmme Kalju | 10 | 8 | 1 | 1 | 22:6 | 16 | 25 |
| 2 |
|
FC Levadia | 10 | 8 | 1 | 1 | 19:7 | 12 | 25 |
| 3 |
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FC Flora | 10 | 7 | 1 | 2 | 25:9 | 16 | 22 |
| 4 |
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JK Sillamäe Kalev | 10 | 5 | 3 | 2 | 15:8 | 7 | 18 |
| 5 |
|
Paide Linnameeskond | 10 | 6 | 0 | 4 | 16:16 | 0 | 18 |
| 6 |
|
FC Infonet | 10 | 2 | 4 | 4 | 6:14 | -8 | 10 |
| 7 |
|
JK Tammeka | 10 | 2 | 2 | 6 | 6:14 | -8 | 8 |
| 8 |
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JK Tallinna Kalev | 10 | 2 | 2 | 6 | 6:16 | -10 | 8 |
| 9 |
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FC Kuressaare | 10 | 1 | 2 | 7 | 6:15 | -9 | 5 |
| 10 |
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JK Narva Trans | 10 | 0 | 2 | 8 | 4:20 | -16 | 2 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
