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| 06.10.2012 | 13:00 | JK Narva Trans | - | JK Nõmme Kalju | 0:2 (0:2) | |
| 13:00 | JK Sillamäe Kalev | - | Paide Linnameeskond | 1:2 (1:0) | ||
| 16:00 | FC Levadia | - | FC Viljandi | 2:1 (1:0) | ||
| 16:00 | JK Tammeka | - | FC Kuressaare | 2:2 (0:1) | ||
| 16:00 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 3:1 (2:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
JK Nõmme Kalju | 33 | 28 | 4 | 1 | 99:13 | 86 | 88 |
| 2 |
|
FC Levadia | 33 | 22 | 8 | 3 | 78:20 | 58 | 74 |
| 3 |
|
FC Flora | 33 | 24 | 2 | 7 | 78:22 | 56 | 74 |
| 4 |
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JK Sillamäe Kalev | 33 | 14 | 9 | 10 | 44:38 | 6 | 51 |
| 5 |
|
JK Narva Trans | 33 | 14 | 6 | 13 | 42:40 | 2 | 48 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 33 | 11 | 8 | 14 | 32:43 | -11 | 41 |
| 7 |
|
FC Viljandi | 33 | 6 | 7 | 20 | 28:75 | -47 | 25 |
| 8 |
|
FC Kuressaare | 33 | 4 | 10 | 19 | 25:76 | -51 | 22 |
| 9 |
|
JK Tallinna Kalev | 33 | 4 | 9 | 20 | 25:76 | -51 | 21 |
| 10 |
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JK Tammeka | 33 | 3 | 7 | 23 | 24:72 | -48 | 16 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
