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| 21.07.2012 | 16:00 | FC Viljandi | - | FC Kuressaare | 6:0 (3:0) | |
| 16:00 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 2:0 (1:0) | ||
| 18:30 | Paide Linnameeskond | - | JK Tammeka | 4:1 (1:0) | ||
| 18:30 | JK Narva Trans | - | JK Sillamäe Kalev | 0:1 (0:0) | ||
| 23.07.2012 | 17:45 | JK Tallinna Kalev | - | FC Levadia | 0:6 (0:2) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
JK Nõmme Kalju | 20 | 17 | 2 | 1 | 51:7 | 44 | 53 |
| 2 |
|
FC Levadia | 20 | 14 | 6 | 0 | 42:6 | 36 | 48 |
| 3 |
|
FC Flora | 20 | 14 | 1 | 5 | 41:11 | 30 | 43 |
| 4 |
|
JK Sillamäe Kalev | 20 | 7 | 8 | 5 | 23:22 | 1 | 29 |
| 5 |
|
JK Narva Trans | 20 | 8 | 3 | 9 | 24:25 | -1 | 27 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 20 | 7 | 3 | 10 | 18:29 | -11 | 24 |
| 7 |
|
FC Viljandi | 20 | 4 | 4 | 12 | 19:39 | -20 | 16 |
| 8 |
|
JK Tallinna Kalev | 20 | 4 | 4 | 12 | 17:46 | -29 | 16 |
| 9 |
|
FC Kuressaare | 20 | 3 | 7 | 10 | 15:35 | -20 | 16 |
| 10 |
|
JK Tammeka | 20 | 1 | 4 | 15 | 11:41 | -30 | 7 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
