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| 01.08.2009 | 16:00 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Flora | 1:3 (1:1) | |
| 16:00 | JK Tallinna Kalev | - | FC Kuressaare | 1:4 (0:0) | ||
| 16:00 | JK Tammeka | - | JK Narva Trans | 0:1 (0:1) | ||
| 18:30 | Tulevik Viljandi | - | Paide Linnameeskond | 4:0 (1:0) | ||
| 29.09.2009 | 17:45 | JK Nõmme Kalju | - | FC Levadia | 1:3 (0:3) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 22 | 19 | 3 | 0 | 78:15 | 63 | 60 |
| 2 |
|
FC Flora | 22 | 15 | 3 | 4 | 47:18 | 29 | 48 |
| 3 |
|
JK Sillamäe Kalev | 22 | 15 | 2 | 5 | 54:25 | 29 | 47 |
| 4 |
|
JK Narva Trans | 22 | 12 | 4 | 6 | 43:22 | 21 | 40 |
| 5 |
|
Tulevik Viljandi | 22 | 10 | 4 | 8 | 30:27 | 3 | 34 |
| 6 |
|
JK Nõmme Kalju | 21 | 10 | 3 | 8 | 42:25 | 17 | 33 |
| 7 |
|
FC Kuressaare | 21 | 5 | 3 | 13 | 13:45 | -32 | 18 |
| 8 |
|
Paide Linnameeskond | 22 | 4 | 2 | 16 | 9:61 | -52 | 14 |
| 9 |
|
JK Tallinna Kalev | 22 | 2 | 4 | 16 | 17:49 | -32 | 10 |
| 10 |
|
JK Tammeka | 22 | 2 | 2 | 18 | 15:61 | -46 | 8 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relégation | |
| Relégation |
