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| H (Match allé) | UE Lleida | - | Águilas CF | 3:0 | ||
| R (match retour) | Águilas CF | - | UE Lleida | 1:1 | ||
| H (Match allé): 01.09.1998 | R (match retour): 08.09.1998 | vainqueur: UE Lleida | ||||
| H (Match allé) | Cultural Leonesa | - | CD Numancia | 2:2 | ||
| R (match retour) | CD Numancia | - | Cultural Leonesa | 1:1 | ||
| H (Match allé): 01.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: CD Numancia | ||||
| H (Match allé) | Algeciras CF | - | Recreativo Huelva | 1:0 | ||
| R (match retour) | Recreativo Huelva | - | Algeciras CF | 3:0 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: Recreativo Huelva | ||||
| H (Match allé) | Real Jaén | - | Sevilla FC | 1:1 | ||
| R (match retour) | Sevilla FC | - | Real Jaén | 2:0 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: Sevilla FC | ||||
| H (Match allé) | Universidad Las Palmas | - | SD Compostela | 1:1 | ||
| R (match retour) | SD Compostela | - | Universidad Las Palmas | 2:1 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: SD Compostela | ||||
| H (Match allé) | CD Lalín | - | UD Las Palmas | 1:0 | ||
| R (match retour) | UD Las Palmas | - | CD Lalín | 4:0 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: UD Las Palmas | ||||
| H (Match allé) | Jerez CF | - | Rayo Vallecano | 2:2 | ||
| R (match retour) | Rayo Vallecano | - | Jerez CF | 1:2 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 08.09.1998 | vainqueur: Jerez CF | ||||
| H (Match allé) | UD SS Reyes | - | CP Mérida | 1:0 | ||
| R (match retour) | CP Mérida | - | UD SS Reyes | 2:1 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: UD SS Reyes | ||||
| H (Match allé) | Elche CF | - | Hércules CF | 1:0 | ||
| R (match retour) | Hércules CF | - | Elche CF | 1:1 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: Elche CF | ||||
| H (Match allé) | Terrassa FC | - | Levante UD | 1:1 | ||
| R (match retour) | Levante UD | - | Terrassa FC | 3:1 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: Levante UD | ||||
| H (Match allé) | CD Lealtad | - | Sporting Gijón | 2:1 | ||
| R (match retour) | Sporting Gijón | - | CD Lealtad | 3:0 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: Sporting Gijón | ||||
| H (Match allé) | SD Noja | - | CA Osasuna | 0:1 | ||
| R (match retour) | CA Osasuna | - | SD Noja | 3:0 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: CA Osasuna | ||||
| H (Match allé) | SD Beasain | - | SD Eibar | 0:0 | ||
| R (match retour) | SD Eibar | - | SD Beasain | 1:1 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: SD Beasain | ||||
| H (Match allé) | CD Móstoles | - | CD Badajoz | 1:2 | ||
| R (match retour) | CD Badajoz | - | CD Móstoles | 2:0 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: CD Badajoz | ||||
| H (Match allé) | Cádiz CF | - | Granada CF | 2:2 | ||
| R (match retour) | Granada CF | - | Cádiz CF | 1:2 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: Cádiz CF | ||||
| H (Match allé) | Xerez CD | - | Málaga CF | 2:1 | ||
| R (match retour) | Málaga CF | - | Xerez CD | 2:0 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: Málaga CF | ||||
| H (Match allé) | UB Conquense | - | Albacete | 0:3 | ||
| R (match retour) | Albacete | - | UB Conquense | 1:0 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: Albacete | ||||
| H (Match allé) | Talavera CF | - | CD Toledo | 1:1 | ||
| R (match retour) | CD Toledo | - | Talavera CF | 0:2 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: Talavera CF | ||||
| H (Match allé) | CD Calahorra | - | CD Ourense | 1:1 | ||
| R (match retour) | CD Ourense | - | CD Calahorra | 2:0 | ||
| H (Match allé): 02.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: CD Ourense | ||||
| H (Match allé) | Palamós CF | - | Benidorm CD | 1:1 | ||
| R (match retour) | Benidorm CD | - | Palamós CF | 3:1 | ||
| H (Match allé): 03.09.1998 | R (match retour): 09.09.1998 | vainqueur: Benidorm CD | ||||
