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| 19.10.2016 | 17:00 | Sigma Olomouc | - | 1. SC Znojmo | 2:1 (2:0) | |
| 21.10.2016 | 15:30 | FK Varnsdorf | - | Baník Ostrava | 1:1 (0:1) | |
| 18:00 | Dynamo České Budějovice | - | 1. SK Prostějov | 3:0 (2:0) | ||
| 22.10.2016 | 10:15 | FK Fotbal Třinec | - | FC Sellier & Bellot Vlašim | 1:3 (1:1) | |
| 10:15 | FK Baník Sokolov | - | MFK Frýdek-Místek, a.s. | 3:3 (1:1) | ||
| 15:30 | MFK Vítkovice | - | SFC Opava | 0:1 (0:1) | ||
| 15:30 | FK MAS Táborsko | - | FK Pardubice | 0:2 (0:0) | ||
| 23.10.2016 | 10:15 | Viktoria Žižkov | - | FK Ústí nad Labem | 2:0 (1:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Sigma Olomouc | 12 | 9 | 3 | 0 | 20:7 | 13 | 30 |
| 2 |
|
Baník Ostrava | 12 | 7 | 5 | 0 | 22:9 | 13 | 26 |
| 3 |
|
SFC Opava | 12 | 7 | 3 | 2 | 26:14 | 12 | 24 |
| 4 |
|
Dynamo České Budějovice | 12 | 7 | 2 | 3 | 18:10 | 8 | 23 |
| 5 |
|
FC Sellier & Bellot Vlašim | 12 | 6 | 2 | 4 | 21:16 | 5 | 20 |
| 6 |
|
1. SC Znojmo | 12 | 5 | 3 | 4 | 22:18 | 4 | 18 |
| 7 |
|
Viktoria Žižkov | 12 | 4 | 5 | 3 | 19:16 | 3 | 17 |
| 8 |
|
FK Baník Sokolov | 12 | 4 | 5 | 3 | 18:19 | -1 | 17 |
| 9 |
|
FK Ústí nad Labem | 12 | 5 | 2 | 5 | 15:16 | -1 | 17 |
| 10 |
|
MFK Frýdek-Místek, a.s. | 12 | 4 | 4 | 4 | 24:22 | 2 | 16 |
| 11 |
|
FK Varnsdorf | 12 | 3 | 4 | 5 | 13:15 | -2 | 13 |
| 12 |
|
FK MAS Táborsko | 12 | 2 | 5 | 5 | 11:20 | -9 | 11 |
| 13 |
|
FK Pardubice | 12 | 2 | 4 | 6 | 8:19 | -11 | 10 |
| 14 |
|
FK Fotbal Třinec | 12 | 2 | 3 | 7 | 18:28 | -10 | 9 |
| 15 |
|
MFK Vítkovice | 12 | 2 | 0 | 10 | 12:24 | -12 | 6 |
| 16 |
|
1. SK Prostějov | 12 | 1 | 2 | 9 | 8:22 | -14 | 5 |
| Promotion | |
| Relégation |
