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| Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour | » 1. Mi-temps | 2. Mi-temps |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SV Sandhausen (A) | 24 | 13 | 7 | 4 | 20:11 | 9 | 46 |
| 2 |
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SSV Ulm 1846 (N) | 24 | 11 | 6 | 7 | 20:16 | 4 | 39 |
| 3 |
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Jahn Regensburg (A) | 24 | 8 | 14 | 2 | 16:8 | 8 | 38 |
| 4 |
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SC Verl | 24 | 8 | 11 | 5 | 20:17 | 3 | 35 |
| 5 |
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Dynamo Dresden | 24 | 8 | 10 | 6 | 17:13 | 4 | 34 |
| 6 |
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Borussia Dortmund II | 24 | 8 | 10 | 6 | 16:14 | 2 | 34 |
| 7 |
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TSV 1860 München | 24 | 8 | 10 | 6 | 13:12 | 1 | 34 |
| 8 |
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SpVgg Unterhaching (N) | 24 | 7 | 12 | 5 | 15:11 | 4 | 33 |
| 9 |
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FC Ingolstadt 04 | 24 | 8 | 9 | 7 | 18:15 | 3 | 33 |
| 10 |
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1. FC Saarbrücken | 24 | 6 | 14 | 4 | 16:13 | 3 | 32 |
| 11 |
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Waldhof Mannheim | 24 | 8 | 8 | 8 | 15:13 | 2 | 32 |
| 12 |
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Viktoria Köln | 24 | 6 | 12 | 6 | 14:16 | -2 | 30 |
| 13 |
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Erzgebirge Aue | 24 | 6 | 11 | 7 | 10:12 | -2 | 29 |
| 14 |
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Preußen Münster (N) | 24 | 4 | 16 | 4 | 16:13 | 3 | 28 |
| 15 |
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VfB Lübeck (N) | 24 | 6 | 10 | 8 | 10:15 | -5 | 28 |
| 16 |
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Rot-Weiss Essen | 24 | 6 | 9 | 9 | 11:16 | -5 | 27 |
| 17 |
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Arminia Bielefeld (A) | 24 | 6 | 8 | 10 | 16:19 | -3 | 26 |
| 18 |
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MSV Duisburg | 24 | 4 | 11 | 9 | 11:17 | -6 | 23 |
| 19 |
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Hallescher FC | 24 | 5 | 7 | 12 | 17:28 | -11 | 22 |
| 20 |
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SC Freiburg II | 24 | 3 | 7 | 14 | 11:23 | -12 | 16 |
| Promotion | |
| Relégation | |
| Relégation |
